Narcos: Mexico’nun 2. sezonu, artık ilk Meksika karteli Guadalajara Karteli’nin babası olan ve kontrolü elinde tutmakta, imparatorluğunu genişletmekte ve El Padrino olma yolunda yaptığı ihanetlerin ve fedakârlıkların arasını bulmakta zorlanan Miguel Ángel Félix Gallardo’nun öyküsünü anlatmaya devam ediyor. Félix, kartelinin farklı “plazaları” arasındaki sürtüşmeleri arttıkça durumun kontrolünü kaybeder. Bu arada DEA ajanı Kiki Camarena’nın kartelin ve yozlaşmış politikacıların ellerinde hayatını kaybetmesi, Meksika’da bir intikam fırtınasına yol açar.
Yöntemleri her zaman kurallara bağlı kalmayan inatçı DEA ajanı Walt Breslin’in yönettiği “Leyenda Operasyonu”, Félix Gallardo’yu ve baş yardımcılarını hedef alır ve bu, kartelin istikrarsızlığı ve dengesizliğine tuz biber eker.